Seit 1986 sammelt und dokumentiert die Gedenkstätte Informationen zu Bonn in der Zeit des Nationalsozialismus und zu Bonner Verfolgten. Eine erste vorläufige Ausstellung wurde in Bad Godesberg gezeigt. Seit 1996 besteht die ständige Ausstellung in der Franziskanerstraße 9. In naher Zukunft wird der Umzug von Gedenkstätte und NS-Dokumentationszentrum an einen historischen Standort erfolgen. In den Wirtschaftsräumen des ehemaligen Benediktinerinnen-Klosters „zur ewigen Anbetung“ in Bonn-Endenich, 1941 von der Gestapo zum Ghettolager für die jüdische Bevölkerung umfunktioniert, wird eine neue Dauerausstellung eingerichtet.
Gedenkstätte und NS-Dokumentationszentrum Bonn sind nach 36 Jahren in freier Trägerschaft seit dem 1. Januar 2021 Einrichtungen der Bundesstadt Bonn. Zum Angebot gehören Führungen, Workshops, Rundgänge, Vorträge und Sonderausstellungen. Externen Forschenden stehen eine umfangreiche Dokumentation und eine Fachbibliothek zur Verfügung.