منذ عام 1901، قامت الجالية اليهودية في بوبيلسدورف ببناء كنيس يهودي جديد أكبر حجماً في زاوية شارع بيناورشتراسه وجاغدويج وفقاً لمخططات المهندس المعماري فيلهلم فاينريس من بون. وقد حل محل الكنيس السابق، الذي تم إنشاؤه في مبنى مصنع تم تحويله في عام 1852.
تم تكريس المبنى الجديد، المصمم على الطراز المغاربي، في مايو 1902. وعلى النقيض من المظهر الخارجي، كان التصميم الداخلي بسيطاً. كان الكنيس يتسع لحوالي 100 رجل، وحوالي 65 امرأة في الرواق.
في البداية، كان يهود بوبيلسدورف ينتمون إلى مجتمع المعبد اليهودي في بون. واعتبارًا من عام 1875، شكلوا مجتمعًا يهوديًا مستقلًا، والذي ضم أيضًا يهودًا من دوتندورف ودويسدورف وإيبندورف وكيسينتش وأحيانًا إندينيش.
في 10 نوفمبر 1938، قام رجال قوات الحماية الخاصة بتحطيم الباب وإشعال النار في الكنيس. احترق المبنى حتى الجدران الخارجية. لم تتدخل فرقة الإطفاء بل اكتفت بحماية المنازل المجاورة. تم هدم الأنقاض في مارس 1939. واستُخدم الموقع بعد ذلك كمقلب للقمامة.
ومنذ عام 1963، تم وضع حجر تذكاري من الجرانيت في منطقة خضراء صغيرة لتخليد ذكرى الكنيس المدمر. وفي الذكرى السنوية الخمسين لمذبحة نوفمبر 1938، تم استكمال الحجر التذكاري في عام 1988 بشمعدان حجري - شمعدان ذو سبعة فروع وهو أحد أهم الرموز الدينية اليهودية.
