W 1901 r. gmina żydowska Poppelsdorf wybudowała nową, większą synagogę na rogu Bennauerstraße i Jagdweg według planów bońskiego architekta Wilhelma Weinreisa. Zastąpiła ona poprzednią synagogę, która powstała w przebudowanym budynku fabrycznym w 1852 roku.

Nowy budynek, zaprojektowany w stylu mauretańskim, został poświęcony w maju 1902 roku. W przeciwieństwie do wyglądu zewnętrznego, wnętrze zostało zaprojektowane w prosty sposób. Synagoga mogła pomieścić około 100 mężczyzn; około 65 kobiet mogło siedzieć na galerii.

Początkowo Żydzi z Poppelsdorf należeli do gminy synagogalnej w Bonn. Od 1875 r. tworzyli niezależną gminę żydowską, do której należeli także Żydzi z Dottendorf, Duisdorf, Ippendorf, Kessenich i okazjonalnie Endenich.

10 listopada 1938 r. esesmani wyważyli drzwi i podpalili synagogę. Budynek spłonął do zewnętrznych ścian. Straż pożarna nie interweniowała, a jedynie chroniła sąsiednie domy. Ruiny rozebrano w marcu 1939 roku. W miejscu tym powstało wysypisko śmieci.

Od 1963 r. zniszczoną synagogę upamiętnia granitowy kamień na niewielkim zieleńcu. W 50. rocznicę pogromu z listopada 1938 r. kamień pamiątkowy został uzupełniony w 1988 r. o kamienną menorę - siedmioramienny świecznik, jeden z najważniejszych symboli religijnych judaizmu.