La communauté juive de Poppelsdorf a fait construire à partir de 1901 une nouvelle synagogue, plus grande, au coin de la Bennauerstraße et du Jagdweg, selon les plans de l'architecte de Bonn Wilhelm Weinreis. Elle remplaça l'ancienne synagogue aménagée en 1852 dans un bâtiment d'usine transformé.

Le nouveau bâtiment, de style mauresque, fut inauguré en mai 1902. Contrairement à l'aspect extérieur, l'intérieur était aménagé sobrement. La synagogue pouvait accueillir une centaine d'hommes ; environ 65 femmes pouvaient s'asseoir sur la galerie.

Au début, les juifs de Poppelsdorf faisaient partie de la communauté synagogale de Bonn. Depuis 1875, ils formaient une communauté cultuelle indépendante, à laquelle appartenaient également les Juifs de Dottendorf, Duisdorf, Ippendorf, Kessenich et parfois d'Endenich.

Le 10 novembre 1938, des SS ont défoncé la porte et mis le feu à la synagogue. Le bâtiment a brûlé jusqu'aux murs extérieurs. Les pompiers ne sont pas intervenus, se contentant de protéger les maisons voisines. En mars 1939, les ruines furent démolies. Le terrain a ensuite servi de décharge.

Depuis 1963, une pierre commémorative en granit dans un petit espace vert rappelle la synagogue détruite. En 1988, à l'occasion du 50e anniversaire du pogrom de novembre 1938, la pierre commémorative a été complétée par une ménorah en pierre - un chandelier à sept branches qui fait partie des principaux symboles religieux du judaïsme.