A partire dal 1901, la comunità ebraica di Poppelsdorf fece costruire una nuova sinagoga più grande all'angolo tra Bennauerstraße e Jagdweg, secondo il progetto dell'architetto di Bonn Wilhelm Weinreis. Essa sostituì la sinagoga precedente, che era stata allestita nel 1852 in un edificio industriale riconvertito.

Il nuovo edificio, progettato in stile moresco, fu consacrato nel maggio 1902. In contrasto con l'aspetto esterno, l'interno era progettato in modo semplice. La sinagoga poteva ospitare circa 100 uomini; circa 65 donne potevano sedersi nella galleria.

Inizialmente, gli ebrei di Poppelsdorf appartenevano alla comunità sinagogale di Bonn. Dal 1875 formarono una comunità ebraica indipendente, che comprendeva anche ebrei di Dottendorf, Duisdorf, Ippendorf, Kessenich e occasionalmente Endenich.

Il 10 novembre 1938, gli uomini delle SS sfondarono la porta e diedero fuoco alla sinagoga. L'edificio bruciò fino alle pareti esterne. I vigili del fuoco non intervennero, ma si limitarono a proteggere le case vicine. Le rovine furono demolite nel marzo 1939. Il sito fu poi utilizzato come discarica.

Dal 1963, una lapide di granito in una piccola area verde ricorda la sinagoga distrutta. Nel 1988, in occasione del 50° anniversario del pogrom del novembre 1938, la lapide è stata integrata con una menorah in pietra, un candelabro a sette bracci, uno dei simboli religiosi più importanti dell'ebraismo.